Utíkal komunistům?
Potřetí byl případ Masarykovy smrti otevřen znovu až po revoluci, v roce 1996. Tehdy se začalo konečně pracovat i na jedné z největších nesrovnalostí v případu, kterou je poloha těla.
Vyšetřování odhalilo, že nemohlo jít o úmyslnou sebevraždu. Jan Masaryk velmi pravděpodobně vypadl z okna v poloze, kdy se přidržoval římsy a hleděl směrem do pokoje. A do toho zapadají i výsledky zkoumání archivů StB.
Závěrem je, že v Masarykově bytě během osudného okamžiku probíhala tajná prohlídka, kterou měli na starosti vysoce postavení komunističtí činitelé. Politik se před nimi snažil schovat, vylezl z okna na římsu a pomalu ustupoval směrem doleva. Pak se ale zřítil dolů, a to z neznámých důvodů. Z okna mohl být i vyhozen.
Údajnými agenty, kteří byt prohledávali, měli být Vilém Krajčírovič a Oldřich Fischmeister. Vyšetřování ztroskotalo na tom, že oba zmizeli v zahraničí a nepodařilo se je vyslechnout.