Vražda
K verzi o vraždě se policejní orgány začaly přiklánět v roce 2001, kdy odstartovalo už čtvrté vyšetřování. Znalci na základě různých expertiz zcela vyloučili sebevraždu. Tělo Jana Masaryka bylo v takové vzdálenosti od okna a v takovém úhlu, že mohlo být jedině vyhozeno násilím.
Pachatele se ale vypátrat nepodařilo. A tak byl případ opět odložen.