Jejím prvním manželem byl hudební skladatel Karel Svoboda. Manželství, které trvalo 12 let, velmi narušila nejdříve smrt dcery Kláry a skončilo skladatelovou sebevraždou v roce 2007. Vendula Svobodová zůstala s dvouletým synem Jakubem sama. Její druhým manželem byl podnikatel Patrik Auš, vztah ale nevydržel. Své štěstí našla, zdá se, až po boku o 16 let mladšího Josefa Pizingera. Za něj se vdala v roce 2015 a ve 47 letech mu porodila syna Josefa. Od roku 2000 se věnuje svému nadačnímu fondu Kapka naděje, který pomáhá dětem s poruchou krvetvorby a nádorovými onemocněními.